La fondazione della chiesa risale al XIII secolo ed è confermata da una lapide posta sul portale di ingresso, recante la data 30 luglio 1319 e ubicata al di sopra di un tempio preesistente. Il periodo di costruzione della chiesa è continuativo per diversi secoli. Al XIV secolo risalgono gli affreschi, posti sulle pareti e sui pilastri, seguono la costruzione del campanile e l’affresco dell’Annunciazione.
La trasformazione dei caratteri architettonici della cattedrale, da medievali a barocchi, furono apportati sotto la direzione del vescovo Giovanni Andrea Tria.
L'Ottocento fu caratterizzato dalla riscoperta dell'architettura medievale: il duomo di Larin riscoprì e valorizzò i suoi caratteri originari. Promotore della riscoperta fu il vescovo Francesco Giampaolo. Il quale fece apportale alcune modifiche strutturali alla basilica e successivamente fece anche cambiare l'arredamento della zona presbiteriale.
Dal 1931 nella chiesa si sono susseguiti interventi di restauro che ne hanno consolidato la struttura, compreso il campanile, distrutto da un fulmine nel 1943.
